1900. áprílis 21-én született Nové Město nad Metujíban. Az olomouci gazdasági iskola elvégzése után visszatért szülővárosába, ahol tanítóként dolgozott. 1923-ban a Kostnická jednota nevű evangélikus egyesület segítségével az Ogyesszai kormányzóság területén lévő Alexandrovkában telepedett le, hogy részt vegyen az ottani cseh kolonisták gyermekeinek nevelésében. Kulturális és társadalmi jellegű aktivitásánaik köszönhetően a helyiek, s elsősorban a gyerkek körében rendkívüli népszerűségnek örvendett. A protestáns Cseh Testvériség Egyházának (Českobratrská cirkev) buzgó tagja volt, s a tilalom ellenére titokban hittant is tanított, így csakhamar gondjai akadtak a szovjet hatóságokkal.

1925 májusában a 19. századi cseh bevándorlók által alapított ukrajnai Čechohradba költözött (ma Novhorodkivka, Jekatyerinoszlavi kormányzóság), ahol feleségével együtt ismét cseh anyanyelvű iskolában taníthatott. Miként Alexandrovkában, itt is közkedvelt volt honfitársai körében, ellenben kollágáival nem mindig jött ki jól. Összekülönbözött az ugyancsak tanárként dolgozó Červenývel, valamint Hájek tanfelügyelővel, akik Martíneket többször feljelentették.

1927. áprílis 28-án Martínek a közeli Melitopolba ment bevásárolni, s éjjel ugyanott a GPU (Állami Politikai Igazgatóság) emberei letartóztatták. Az első kihallgatásokra még a helyi börtönben került sor, ám júniusban a további vizsgálatok lefolytatására Harkovba vitték. Csehszlovákia javára, a helyi cseh kolóniákban folytatott szovjetellenes agitációval és kémkedéssel vádolták, illetve hogy mindezt „a Kostnická jednota nevű vallási-fasiszta szervezet ösztönzésére” tette.

1928. január 4-én a harkovi kerületi bíróság rendkívüli ülésén golyó általi halálra ítélték, de a nagy októberi forradalom tizedik évfordulója alkalmából kihirdetett közkegyelemnek hála november 4-én a halálbüntetést tízévi fegyházra enyhítették. Ezen felül öt évre megfosztották állampolgári jogaitól, vagyonát pedig konfiskálták. Feleségének, Zdenának – azon túl, hogy egyedül maradt két kislányával (2 éves és 6 hetes) – fel kellett adnia a čechohradi tanítói állását. Az apa nélkül maradt család Csehszlovákiába való visszatérését csupán 1928. július 23-án engedélyezték. Zdena asszony ezután egy kisebbségi óvodában tanított a Česká Třebová melletti Rybníkben.

Jaroslav Martínek büntetése letöltését a harkovi börtönben kezdte meg, 1929. június 28-án viszont átszállították a Szoloveckij-szigeteki javító-kényszermunka táborba (pontosabban a Kemi városához közeli Popov-szigetre).

1930 decemberében már a GPU által igazgatott kazahsztáni Gigant nevű szovhozba (Tokarevka városa) helyezték át, ahol a Kresztova hadikórházban alkalmazták. Az itteni helyzetét még rosszabbnak látta, mint a Szoloveckij-szigetekit. A tábort minden bizonnyal 1933-ban hagyhatta el. Ezt követően viszont a Távol-Keletre, az usszúriai vasút mentén fekvő Szvobodnoje városába száműzték. Az itteni központi gyógyszerraktárban kezdett el dolgozni, ám. valószínűleg már a következő év folyamán Murmanszkba deportálták.

1936 februárjában büntetését a Szovjetunióból való kitoloncolásra változtták, így legnagyobb örömére kilenc és fél év után visszatérhetett Csehszlovákiába. 1936 májusában Děčín-Podmoklyban telepedett le, ahol kertészként dolgozott, felesége pedig óvónőként Chrochovicében. 1937 szeptemberétől Martínek ismét taníthatott, mégpedig hittant Lounyban, egyúttal rábízták a helyi ifjúsági szervezet újjászervezését, s ha a szükség úgy kívánta, a lelkészt is helyettesítette. Jaroslav Martínek további sorsa ismeretlen.