1919. október 24-én született a Bártfa közelében fekvő Stefuróban (Štefurov). 1939-ben elhatározta, hogy a Szovjetunióba szökik. November végén hagyta el otthonát. Sanok közelében lépte át a határt, de a szovjetek elfokták, s egy lengyel bűnözők számára kialakított börtönbe zárták. Túlzsúfoltság miatt azonban csakhamar a jóval nagyobb szambori fegyintézetbe helyezték át.

1940 májusában rabtársaival együtt Vorosilovgrádba (Luhanszk), majd az őszi kihallgatások után Szibériába szállították. Ján Bačkovskýt öt évre ítélték. A foglyokat kezdetben sztarobelszki templomban összpontosították, majd a vorkutai és uhtai erdőkben dolgoztatták őket.

Fakitermelést végeztek, hogy kellő mennyiségű alapanyagot biztosítsanak a helyi kőszénlelőhelyhez vezető út- és vasútvonal megépítéséhez (Vorkuta - Uhta). A fakunyhókban lakó rabok közül sokan éhenhaltak. Hogy Ján nem jutott erre a sorsra, az annak is köszönhető, hogy két hónapig hivatalnokként dolgozhatott. Feladata épp az élelemellátás megszervezése volt, többek közt ki kellett számolnia, hogy naponta hány kondér étel készüljön.

1942. január 7-én szabadon bocsátották. Krutajaba, a felszabadult foglyok központjába ment, innét pedig Csibijbe (Uhta) vitték, ahol hosszú idő után csehszlovákokkal találkozott. Az itteni táborban ugyan kaptak némi ételt, de étkészlet híján a fejadagot a zsebkendőikbe töltötték.

A Buzulukba vezető egy hónapos út után Moszkván át Nyizsnij Novgorodba ért, ahol Bačkovský katonai alapkiképzésben részesült. Ezt követően beválogatták a tartalékos altiszti iskola tanulói közé. Négy hónap után őrvezető, majd tizedes lett belőle. Egy csehszlovákokból álló egység kötelékében került sor az első háborús bevetésére a szokolovoi csatában, majd Duklai-hágón keresztül Szlovákia területére lépett.

Részt vett a kassai mozgósításban, majd egy kiképzőkozpontban élte meg a háború végét. Nem sokkal később a varsói Katonai Vezérkari Akadémiára küldték, ám két év múlva – a szabadsága letöltését követően – nem kapott engedélyt a Lengyelországba való visszatérésre. Ezután a Hradec Králové-i Katonaorvosi Karán a Hadtudományok Tanszékének vezetőjeként tevékenykedett.